Die Baptistische Pfadfinderschaft entstand 1986. Am Beginn ihrer Geschichte steht die ältere Jungschar der EFG (Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde) Reutlingen – damals als Fahrtengruppe bekannt – und ihr ausdrücklicher Wunsch, über das Jungscharalter hinaus zusammenbleiben zu wollen. Gemeinsame Überlegungen mit der Jungschar der EFG Stuttgart-Zuffenhausen führten im Februar 1986 zu der Entscheidung, die Baptistische Pfadfinderschaft zu gründen. Beschränkte sich die Pfadfinderarbeit zunächst auf das Alter ab 14 Jahre, so entstanden bald auch Kleingruppen für die anderen Altersstufen, weil klar wurde, dass nur die Pfadfindererziehung „von Anfang an“ wirklich Sinn macht. Die Suche nach pfadfinderischen Traditionen ließ ein Stück baptistischer Geschichte wiederentdecken:

Von 1932 an gab es eine Baptistische Pfadfinderschaft, die ihre Wurzeln teilweise im Baptistischen Jugendbund (BJB), aber auch in der Arbeit des CVJM hatte. Nach starkem Wachstum mussten die Pfadfinder 1934 ihren Bund selbst auflösen, um die „kooperative Eingliederung“, also die per Reichsgesetz angeordnete Überführung der Pfadfinder in die HJ zu verhindern. Dennoch wurde die Arbeit heimlich so lange weiter geführt, bis der Krieg ein vorläufiges Ende setzte. Ab 1948 entstanden an verschiedenen Orten wieder baptistische Pfadfindergruppen, die sich 1958 zur Ringgemeinschaft freikirchlicher Pfadfinder (RFP) innerhalb der Christlichen Pfadfinderschaft (CP) zusammenschlossen. In dieser Zeit nahm die RFP an vielen internationalen Lagern in Europa teil. Parallel dazu wurde ab 1953 vom Gemeindejugendwerk Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden eine „Jungmannenarbeit“ aufgebaut. Bestrebungen von außen, die Pfadfinder in diese Arbeit einzugliedern, führten ab 1962 zur Zersplitterung und Ende der 60er Jahre schließlich zur Auflösung der Ringgemeinschaft. In den Folgejahren gab es in Deutschland keine baptistische Pfadfinderarbeit, wohl aber z.B. in Dänemark, Norwegen und Schweden – Ländern, in denen diese Form der Gemeindejugendarbeit traditionsgemäß stark verbreitet ist und zu denen von Seiten der ehemaligen BPS intensive Kontakte bestanden.

Diese Kontakte wurden wiederbelebt, als im Sommer 1987 auf Einladung der norwegischen baptistischen Pfadfinder 15 BPSler am „Nordisk Baptistspeiderleir“ auf der Insel Tromøy in Norwegen teilnahmen, zusammen mit 1500 anderen baptistischen Pfadfindern aus Dänemark, Norwegen, Schweden und Finnland. Dort entstand auch guter und fruchtbarer Kontakt zu baptistischen Pfadfindergruppen in Schweden und Dänemark, der in der Folgezeit zu gemeinsamen Lagern in Deutschland und Skandinavien führte.
Auch die Begegnungen mit den Altpfadfindern der BPS wurden zu einer wichtigen Quelle und Hilfe.

Heute ist die Baptistische Pfadfinderschaft als Projektgruppe im Gemeindejugendwerk des Bundes Evangelisch-Freikirchlicher Gemeinden in Deutschland K.d.ö.R. vertreten; außerdem ist sie auch der Pfadfinderverband des Bundes Freier evangelischer Gemeinden in Deutschland K.d.ö.R. Auch in anderen freikirchlichen Gemeinden außerhalb dieser Gemeindebünde ist die BPS Träger der Pfadfinderarbeit.

Derzeit gibt es ca. 1000 Baptistische Pfadfinder in 30 Stämmen, verteilt in 8 Bundesländern.